Avogadro

Avogadro é um aplicativo open-source multi-plataforma que permite o desenho tridimensional interativo de moléculas para serem vistas de praticamente qualquer ângulo, e possui múltiplas opções para você trabalhar.

Uma delas, chamada Label, permite que a informação seja colocada em cada molécula, como: os nomes e símbolos de cada elemento que a compõem, o número atômico, sua carga parcial e assim por diante. No total ele possui 17 destas opções diferentes.

É fácil adicionar os elementos químicos. Basta selecioná-los no menu flutuante dentro do menu Desenhar. Se o que você procura não está listado no menu, é só clicar 'Outros' para exibir a tabela periódica. A biblioteca de fragmentos te permite inserir rapidamente uma variedade de componentes químicos.

Avogadro é compatível com GAUSSIAN, GAMESS, MOPAC e Q-Chem, e pode exportar os modelos para formatos gráficos EPS,SVP, POV-Ray, PNG, JPG e BMP.